你好，根据描述的情况，12岁少年跑步时，龟头缩回去变平了，有可能与个人肥胖有关，这种情况属于正常现象，建议平时适当多锻炼身体，增强体质，均衡营养，不要偏食，如果属于肥胖体型的话，尽量减肥，龟头就会明显凸出来的