阴茎上长有小水泡，而且有瘙痒和疼痛的症状，考虑是疱疹病毒感染引起的症状。建议首先注意局部的卫生，可以外用抗病毒的药物，比如阿昔洛韦软膏，并注意饮食，不能吃辛辣的食物。